Boire du jus de pomme moisi peut provoquer de légers maux d'estomac ou une gêne intestinale. Le jus qui a de la moisissure ou qui a changé de couleur doit être jeté.
Le jus de pomme en bouteille a une durée de conservation de 2 à 3 mois après sa date de péremption imprimée. Le jus de pomme en conserve non ouvert peut être consommé sans danger 6 à 9 mois après la date imprimée.
Le jus de pomme fraîchement pressé ne doit pas être conservé au réfrigérateur plus de 7 à 10 jours. Les jus à plus forte teneur en sucre ont généralement une durée de conservation plus longue.
Boire du jus de pomme non pasteurisé présente un risque d'intoxication alimentaire. La pasteurisation est utilisée pour tuer les bactéries nocives dans les jus et le lait, et par conséquent, le jus de pomme non pasteurisé peut se détériorer plus tôt que son homologue.