Le chocolat contient de la caféine, et en consommer des quantités excessives peut provoquer de la nervosité, des mictions fréquentes, des battements cardiaques rapides et des troubles du sommeil. Les femmes enceintes et allaitantes doivent modérer leur consommation de chocolat, tout comme les personnes souffrant d'hypertension, de glaucome ou de troubles digestifs.
Le chocolat, ou cacao, peut provoquer des réactions allergiques cutanées et des troubles gastriques, tels que constipation, nausées, gargouillements d'estomac, gaz ou gêne intestinale générale. La caféine contenue dans de grandes quantités de chocolat peut également provoquer des migraines et de l'anxiété et ralentir le processus de coagulation sanguine, entraînant des saignements et des ecchymoses chez les personnes atteintes de troubles de la coagulation. Les personnes souffrant de problèmes cardiaques doivent surveiller leur consommation de cacao, car cela peut provoquer des battements cardiaques irréguliers. Le syndrome du côlon irritable, la diarrhée et le reflux gastro-œsophagien sont parfois aggravés par la caféine.
Pendant la grossesse, la caféine contenue dans le chocolat peut contribuer à un accouchement prématuré, à un faible taux de natalité et à une fausse couche. Les nourrissons qui allaitent qui consomment de la caféine dans le lait maternel de leur mère peuvent devenir irritables et avoir des selles trop fréquentes. Les personnes atteintes d'ostéoporose, de glaucome et d'hypertension artérielle peuvent ressentir des symptômes désagréables à cause de la caféine contenue dans le chocolat, et toute personne sur le point de subir une intervention chirurgicale doit cesser de consommer tout le cacao deux semaines avant la chirurgie, car cela peut interférer avec le contrôle de la glycémie pendant et après chirurgie.