Les impacts négatifs potentiels de la biotechnologie incluent les risques pour les humains qui mangent des aliments dérivés de plantes ou d'animaux génétiquement modifiés, et le risque de dommages causés aux plantes indigènes et aux écosystèmes par les plantes génétiquement modifiées. On craint également que les agriculteurs « les finances souffrent lorsque les entreprises monopolisent les semences modifiées ou d'autres produits agricoles.
Les cultures génétiquement modifiées sont les principaux produits de la biotechnologie agricole. Une autre préoccupation est l'utilisation d'hormones chez les animaux, comme l'hormone de croissance bovine recombinante artificielle qui provoque des infections et d'autres problèmes de santé chez les vaches. Les études ne sont pas concluantes quant à savoir si le cancer et d'autres effets négatifs possibles sur la santé chez l'homme sont causés par la consommation de produits alimentaires provenant d'animaux traités avec des hormones artificielles.
Les cultures génétiquement modifiées peuvent contaminer les plantes naturelles avec du pollen et des gènes génétiquement modifiés, créer de nouvelles souches de virus ou de mauvaises herbes, perturber la lutte antiparasitaire naturelle et contaminer le sol avec des toxines qui peuvent nuire à la chaîne alimentaire. Ces toxines peuvent nuire aux travailleurs agricoles, à leurs familles et à d'autres membres de la communauté où sont cultivées des cultures génétiquement modifiées.
Le fait de limiter les cultures des agriculteurs à moins de variétés génétiquement modifiées limite également la biodiversité, qui est importante pour résister aux sécheresses et aux maladies qui affectent les plantes. S'il y a moins de variétés ou d'espèces dans un écosystème, la population est plus vulnérable à un ravageur de la monoculture qui pourrait anéantir un aliment de base important dans l'approvisionnement alimentaire.
Certains pays où les OGM sont vendus manquent de surveillance et de contrôle adéquats des organismes pour protéger les personnes et l'environnement.
