La pastèque regorge de nutriments bénéfiques mais, en grande quantité, elle provoque également des effets secondaires désagréables. La pastèque étant riche en fibres, elle peut déclencher des poussées de troubles intestinaux tels que la maladie de Crohn ou le syndrome du côlon irritable et provoquer des gaz, des ballonnements et de la diarrhée.
La pastèque contient également plus de 6 888 microgrammes (6,8 milligrammes) de lycopène, un puissant antioxydant connu pour réduire le stress, réduire le cholestérol et aider à prévenir le cancer. Cependant, selon WebMD, la recherche montre que le lycopène pourrait aggraver le cancer de la prostate existant. D'autres études, notées par Fitday, ont également indiqué que la consommation de grandes quantités de lycopène, plus de 30 milligrammes par jour, pouvait provoquer des réactions allergiques et des déséquilibres du système immunitaire.