Le fromage mozzarella transformé peut être congelé et se conserve jusqu'à six mois au congélateur. Le fromage mozzarella perd de l'humidité lorsqu'il est congelé et développe une texture friable. En raison de cette texture, le fromage mozzarella décongelé n'est approprié que pour des utilisations dans lesquelles il est fondu.
Le fromage mozzarella frais ne se congèle pas aussi bien que les variétés transformées et ne convient pas à la congélation. La mozzarella décongelée ne peut pas être remplacée dans les recettes qui demandent du fromage frais. Cela est dû aux différences de saveur et de texture. La mozzarella faible en gras contient plus d'eau que les variétés riches en matières grasses, ce qui affecte la quantité d'humidité perdue pendant la congélation et la façon dont elle fond lorsqu'elle est décongelée.