Le lait s'altère à cause des bactéries qu'il contient. Lorsque le lait est pasteurisé, certaines mais pas toutes les bactéries qu'il contient sont tuées, et les bactéries qui restent finissent par provoquer la détérioration du lait pasteurisé.
Tous les aliments contiennent des bactéries, et le lait cru contient une abondance de bactéries, dont certaines sont nocives pour l'homme. En plus de l'herbe que broutent les vaches laitières, elles consomment des microbes considérés comme des agents pathogènes humains. Le lait à l'état cru est un milieu naturel qui favorise la croissance microbienne. Parmi les microbes présents dans le lait, certains provoquent diarrhée, vomissements, syndrome inflammatoire de l'intestin, consommation et fièvre. Si le lait est suffisamment bouilli pour tuer toutes les bactéries et le rendre stérile, il perd une grande partie de son goût et de sa valeur nutritive. La pasteurisation, ou le chauffer à une température élevée, tue certaines bactéries et retarde l'action de certaines enzymes afin que le lait ne soit pas dangereux, se conserve plus longtemps qu'il ne le ferait autrement, mais reste savoureux et nutritif.
Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis recommandent de ne jamais boire de lait cru, car cela peut entraîner des maladies graves et même la mort. Contrairement à ce que certains pensent, boire du lait cru n'a pas d'avantages particuliers pour la santé, et le lait pasteurisé n'est à l'origine d'aucune maladie, allergie ou autre problème. La pasteurisation tue simplement les bactéries pathogènes et prolonge la durée de vie du lait.