Les grains à l'intérieur des noyaux de nectarine contiennent une petite quantité de glycosides cyanogéniques, que le corps métabolise en cyanure. Cependant, la quantité est si petite qu'une fosse représente peu de menace pour un adulte.
De nombreux noyaux de fruits contiennent généralement une petite quantité de glycosides cyanogènes, et les nectarines ne font pas exception. Cependant, la très petite quantité présente est peu susceptible de causer des dommages à un adulte en raison d'une ingestion accidentelle. En fait, de petites quantités de ces grains sont parfois utilisées comme aromates pour rehausser d'autres aliments. Il faut être plus prudent avec les enfants et les animaux domestiques, car ils ont une résistance plus faible à la toxicité, bien que la saveur amère rende l'ingestion délibérée moins probable.