Il n'est pas prudent de manger de la farine crue. Food Poisoning Bulletin avertit que la farine crue peut contenir des bactéries pathogènes et que sa consommation peut provoquer des maladies. En plus d'éviter la consommation de farine non cuite, il est important de traiter la farine crue de la même manière que les autres ingrédients non cuits potentiellement dangereux. Pour éviter la contamination croisée, les cuisiniers doivent toujours désinfecter les surfaces exposées à la farine crue et se laver les mains après avoir manipulé de la farine crue.
Le New York Times rapporte qu'une épidémie d'E. coli en 2009 a été attribuée à la consommation de pâte à biscuits commerciale non cuite et prête à manger, et que la farine crue dans la pâte en était probablement la cause.
Dr. Karen Neil, épidémiologiste médicale travaillant pour les Centers for Disease Control and Prevention, explique que la farine crue était le seul ingrédient agricole brut dans la pâte à biscuits non cuite emballée. Parce qu'il n'a subi aucun processus pour tuer les agents pathogènes, il a probablement conduit à la contamination de la pâte à biscuits. Les œufs utilisés dans la pâte ont été pasteurisés, ce qui tue les agents pathogènes, et le sucre, la mélasse, la margarine et le bicarbonate de soude sont également passés par plusieurs étapes de destruction des agents pathogènes pendant le traitement.
Le New York Times rapporte que, selon une étude de 2008, 53 % des étudiants ont admis avoir mangé de la pâte à biscuits non cuite.
