On peut conserver les brownies fraîchement cuits jusqu'à quatre jours à température ambiante dans un récipient en plastique fermé. Cependant, cela n'est vrai que pour les brownies qui n'ont pas de glaçage composé d'œufs ou d'ingrédients laitiers comme la crème au beurre.
Pour garder les brownies humides sur un plan de travail, on peut également placer une tranche de pain dans le récipient en plastique avant de le fermer.
Les brownies refroidis peuvent être congelés et conservés pendant quatre à six mois. Avant de les conserver au congélateur, on peut les emballer dans une pellicule plastique ou du papier d'aluminium et les placer dans un récipient de congélation hermétique. Si les brownies doivent être empilés dans le récipient, des feuilles de papier ciré peuvent être placées entre chaque couche.