Un certain nombre d'animaux mangent des tomates, notamment des écureuils, des lapins, des cerfs et des ratons laveurs. Certains animaux, comme les marmottes, détruisent les plants de tomates en prélevant les fruits.
Garder les animaux hors des plants de tomates peut être difficile, et les méthodes varient en fonction de l'animal. Garder les cerfs avec une clôture peut être délicat car ils peuvent sauter une clôture de moins de 9 pieds environ. Un chien qui aboie est souvent le meilleur moyen de dissuasion pour les cerfs, et les chats peuvent être des protecteurs efficaces contre les écureuils et autres petits animaux.
Pour certains animaux fouisseurs comme les marmottes, une clôture doit être enterrée à plusieurs mètres de profondeur pour les empêcher de creuser en dessous. Pour les ratons laveurs très intelligents et adaptables, seule une cage pleine peut les tenir à l'écart des plants de tomates. Les faux hiboux ou serpents peuvent aider à tenir les lapins à distance.
La propagation de substances naturelles telles que l'urine d'animaux prédateurs ou le piment fort peut être un moyen non toxique et efficace d'éloigner les animaux des plants de tomates. Certains jardiniers plantent plus de tomates qu'ils n'en ont besoin, sachant que les animaux en récupèreront. Il est illégal dans certaines régions pour les propriétaires de piéger des animaux sauvages. Même si l'animal n'est pas blessé, le déplacer loin de sa zone habituelle peut causer des blessures ou la mort de l'animal.
