Chipotle permet aux clients de passer des commandes en ligne pour le ramassage. Les utilisateurs se connectent ou créent un compte et cliquent sur le bouton Commander maintenant. Chipotle comprend également un formulaire de commande par fax et l'option de commande de groupe en ligne, et pour les utilisateurs de téléphones mobiles, l'application Chipotle propose des options de commande.
La page de commande présente les options d'entrée, que les utilisateurs personnalisent en choisissant la viande, le type de riz, les haricots et les garnitures. Les plats d'accompagnement et les boissons apparaissent également sur la page. Les utilisateurs choisissent de payer en magasin ou en ligne avec une carte de crédit ou une carte-cadeau. En magasin, les clients qui ont passé leur commande en ligne se rendent directement à la caisse enregistreuse.
