Les champignons shiitake et les algues kombu sont des substituts traditionnels japonais des flocons de bonite. Ces ingrédients sont couramment utilisés pour aromatiser les versions végétariennes de bouillons et de sauces qui contiennent normalement des flocons de bonite séchés.
Bien que les flocons de bonite soient le plus souvent utilisés pour aromatiser les bouillons et les sauces, ils ont également d'autres utilisations dans la cuisine japonaise. Ils peuvent être saupoudrés sur les aliments comme condiment ou utilisés comme garniture dans des boulettes de riz. La bonite est aussi parfois utilisée comme substitut elle-même, prenant la place de poissons plus chers comme le listao. Dans certains pays, la bonite est même vendue sous forme de thon en conserve.
