Les germes de soja peuvent être congelés tant qu'ils sont conservés correctement. Un aspect principal de leur attrait lorsqu'ils sont utilisés dans les aliments est leur texture, en particulier leur croquant. Pour que les germes de soja conservent leur croquant, ils doivent être exempts de brûlures de congélation.
Pour éviter les brûlures de congélation, les germes, malgré les instructions habituelles pour garder les germes frais croustillants en ajoutant de l'eau, doivent être aussi secs que possible avant de les congeler. Les brûlures de congélation sont causées par l'humidité présente sur les produits alimentaires lorsqu'ils sont congelés. Il est également très important que les germes de soja soient conservés correctement car ils peuvent être une source de maladies d'origine alimentaire s'ils sont contaminés par des bactéries.
