La compote de pommes doit être réfrigérée après ouverture et consommée dans les sept à 10 jours. Tree Top et Mott's, ainsi que la plupart des autres fabricants de compote de pommes, impriment les dates de péremption sur leurs contenants de compote de pommes. Il n'est pas recommandé de manger de la compote de pommes périmée.
Alors que les fabricants commerciaux de compote de pommes pasteurisent leurs produits afin de réduire les risques de croissance bactérienne ou d'autres activités pathogènes, les composés contenus dans les pommes sont sujets à l'oxydation. En présence d'oxygène, les enzymes polyphénol oxydase présentes dans le tissu de la pomme réagissent avec les composés phénoliques pour produire des produits secondaires de couleur brune.
Les conteneurs scellés limitent la quantité d'oxygène présent qui peut conduire au brunissement et à d'autres effets d'oxydation, mais il ne peut pas l'éliminer complètement. Le chauffage pendant le processus de pasteurisation ralentit également l'activité enzymatique. Pourtant, les réactions chimiques se poursuivent inévitablement et la qualité du produit est modifiée au cours du processus. Mott's indique que son contenant unique sera bon, non ouvert, pendant six à 12 mois. Tree Top fait varier les dates de péremption imprimées sur ses contenants en fonction de la taille du contenant.
