Les fruits se décomposent parce que des bactéries, des champignons et d'autres micro-organismes envahissent les fruits et sécrètent des enzymes qui causent la pourriture. Accélérant le processus de pourriture ainsi que les enzymes qui se produisent naturellement dans le fruit, le succès de ces organismes et les enzymes sont également influencées par des facteurs environnementaux comme l'oxygène et l'eau.
Pour que les fruits se gâtent, toutes les bactéries ou champignons doivent être présents. Le fruit qui commence à se gâter le plus rapidement est normalement endommagé en surface d'une manière qui permet un accès facile par les microbes. L'oxygène dans l'air accélère également la détérioration en provoquant l'oxydation du fruit et en fournissant un environnement nourrissant pour les micro-organismes. L'eau est également essentielle pour le succès des organismes et puisque les fruits sont constitués d'un grand pourcentage d'eau, la croissance des bactéries et des champignons est encore plus encouragée.
Le premier organisme à infester généralement un fruit est le champignon, car il est mieux équipé pour détruire la paroi cellulaire des plantes. Une fois que cela se produit, les enzymes sécrétées commencent à pourrir le fruit, ce qui le rend plus favorable à l'hôte d'une population bactérienne, augmentant encore le taux de pourriture. Certains environnements qui peuvent empêcher la pourriture des fruits sont ceux typiques de la conservation des aliments, tels que le décapage dans des solutions acides ou le confit de sucre.
