Le jus de citron en bouteille ou le concentré de jus de citron a une durée de conservation de 6 à 9 mois lorsqu'il est conservé au réfrigérateur. Le jus de citron fraîchement pressé a une durée de conservation nettement plus courte de 2 à 3 jours lorsqu'il est conservé dans le réfrigérateur.
Le jus de citron peut également être conservé au congélateur jusqu'à un an. Une façon de conserver le jus de citron consiste à placer le jus dans un bac à glaçons, en le laissant geler complètement, puis en plaçant les cubes dans un récipient hermétique au congélateur. Le jus de citron qui sent mauvais ou a une couleur étrange ne doit pas être consommé.