Les inconvénients de manger des aliments biologiques comprennent des coûts plus élevés et une disponibilité moindre que les produits conventionnels. Les agriculteurs produisant des produits biologiques n'utilisent pas certains engrais et pesticides pour encourager la croissance des cultures et empêcher la propagation des mauvaises herbes. Bien que cela produise des avantages environnementaux, cela réduit également la production et a un impact sur les prix à la consommation.
Les agriculteurs biologiques sont confrontés à des risques plus élevés de menaces pour les cultures que les agriculteurs conventionnels. Leurs cultures développent moins de résistance aux facteurs naturels comme la sécheresse et les maladies. Une résistance plus faible produit des dommages aux cultures et une production réduite, ce qui nécessite des augmentations de prix. Les agriculteurs biologiques produisent également des cultures de moindre qualité sans l'aide de produits agricoles conventionnels. Les produits biologiques mettent généralement plus de temps à atteindre les étagères des magasins que les produits conventionnels. Le processus de récolte, d'expédition et de distribution s'allonge pour les cultures biologiques. À leur tour, ces cultures semblent plus âgées et moins fraîches lorsqu'elles atteignent les consommateurs.
Le manque de disponibilité prévisible nuit également à l'attrait des cultures biologiques. Les consommateurs trouvent souvent des produits agricoles traditionnels dans les magasins toute l'année. Les produits biologiques, cependant, arrivent pendant des saisons spécifiques. Les agriculteurs biologiques cultivent des cultures biologiques pour la consommation sous forme brute et pour la production d'autres articles d'épicerie. Les fabricants de produits alimentaires utilisent des étiquettes indiquant la conformité aux exigences fédérales en matière de produits biologiques, telles que décrites par le Département de l'agriculture des États-Unis (USDA). Les étiquettes indiquent la quantité de substances organiques dans les produits. Les articles portant des étiquettes 100 pour cent biologiques proviennent de tous les ingrédients biologiques. Tous les articles portant la mention « bio » doivent contenir au moins 95 % d'ingrédients biologiques.