En 1980, Clarksville Natural Grocery a fusionné avec Safer Way Natural Foods d'Austin, Texas, pour devenir Whole Foods Market. Une inondation l'année suivante a gravement endommagé le magasin, les stocks et l'équipement.
L'expansion initiale de Whole Foods s'est faite par la fusion et l'acquisition d'autres magasins et sociétés. Les premiers Whole Foods Markets en dehors d'Austin se trouvaient à Houston et à Dallas. En 1988, Whole Foods Market a acquis The Whole Food Company de la Nouvelle-Orléans, sa première expansion au-delà du Texas. Tout au long des années 1990 et au début des années 2000, l'entreprise a continué à acquérir des magasins d'aliments naturels et à en construire de nouveaux. Depuis 2015, Whole Foods exploite plus de 420 magasins aux États-Unis, au Canada et au Royaume-Uni.
