Il est courant que les jalapeños noircissent pendant le processus de croissance. La couleur du piment est susceptible de changer plus il reste longtemps sur la plante.
Les piments jalapeño varient en taille, texture, goût et couleur. La plupart des jalapeños sont récoltés lorsqu'ils sont vert vif. Cependant, s'ils sont laissés sur la plante, la couleur continue de changer. La couleur vert vif commence lentement à s'assombrir jusqu'à ce qu'elle devienne noire. La couleur noire signale la dernière phase de la transformation du piment jalapeño. Les piments jalapeño rouges ont tendance à être plus sucrés et moins épicés que le piment vert traditionnel.