La farine crue peut être dangereuse à consommer en raison de ses niveaux élevés de bactéries. La farine ne passe généralement pas par un processus de traitement thermique pour tuer les agents pathogènes. Ces agents pathogènes, lorsqu'ils sont consommés crus dans des produits tels que la pâte à biscuits crue, peuvent rendre les consommateurs malades.
En 2009, une épidémie d'E. coli s'est produite en raison de la pâte à biscuits Nestlé Toll House, comme l'ont noté les archives d'actualités WebMD. Il y avait 77 personnes dans 30 États touchés par l'épidémie et toutes avaient mangé la pâte à biscuits Nestlé Toll House sans la faire cuire au préalable. 35 personnes ont été hospitalisées, ce qui a entraîné le rappel immédiat de 3,6 millions de paquets de pâte à biscuits.
Au début, on pensait que le coupable de l'épidémie était les œufs crus, mais après un examen plus approfondi, le CDC et la FDA ont été seuls à supposer que le contaminant était de la farine crue. À cette époque, il n'était soumis à aucun processus de traitement thermique pour éliminer les agents pathogènes comme les autres ingrédients présents dans la pâte à biscuits. Depuis cet incident, plusieurs fabricants, dont Nestlé, ont commencé à mettre en œuvre un processus de chauffage dans leurs usines pour réduire les bactéries dans la farine dans l'espoir d'éviter d'autres épidémies.
