Les inconvénients du kéfir comprennent sa teneur en graisses saturées, sa densité calorique relativement élevée et sa forte concentration en sucre. Le kéfir interagit également mal avec certains médicaments. Les bactéries, les levures et les probiotiques présents dans le kéfir peuvent également potentiellement causer des problèmes de digestion, tels que la constipation, des crampes intestinales et des douleurs à l'estomac.
En raison des bactéries créées pendant le processus de fermentation, le kéfir peut provoquer des maladies et des infections chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli. Il aggrave également les symptômes des troubles intestinaux, comme la maladie de Crohn et le syndrome du côlon irritable.
Les effets secondaires potentiels sont un autre inconvénient du kéfir. Les bactéries et les probiotiques présents dans le kéfir induisent souvent plusieurs effets secondaires désagréables, en particulier lorsque les utilisateurs commencent à boire du kéfir pour la première fois. Les effets secondaires négatifs comprennent des nausées, des douleurs abdominales, des maux de tête, de la diarrhée, des maux d'estomac, des ballonnements et des gaz. Certaines personnes signalent des problèmes de peau comme de l'acné ou des furoncles.
Le kéfir provoque également des pics de tension artérielle dangereux chez les personnes qui prennent des antidépresseurs. Il interfère avec la plupart des médicaments immunosuppresseurs, y compris le basiliximab, l'azathioprine, le tacrolimus et la prednisone. La recherche suggère que le kéfir peut déclencher des migraines chez certains patients.
De plus, il n'y a aucune preuve concrète que le kéfir est une option de traitement appropriée pour toute condition médicale. Malgré de nombreuses affirmations, il n'y a aucune preuve que le kéfir améliore le taux de cholestérol élevé, traite la diarrhée induite par les antibiotiques, guérit l'intolérance au lactose ou soulage les aphtes.