Certains avantages des aliments génétiquement modifiés incluent une meilleure qualité globale et un meilleur goût des aliments, une plus grande résistance aux maladies et plus d'avantages nutritionnels, selon le Health Research Funding. Certains inconvénients des aliments OGM sont des dommages environnementaux, aucun avantage économique et une augmentation des allergies.
Lors de la modification des aliments, il est possible d'en rehausser les saveurs, en leur donnant un meilleur goût ou en intensifiant la douceur ou le piquant. La modification génétique des plantes et des animaux peut conduire à une résistance aux maladies. Il est possible d'ajouter des vitamines et des minéraux aux aliments OGM, ce qui augmente la valeur nutritionnelle de l'aliment. Ceci est bénéfique pour certaines personnes, comme celles qui vivent dans les pays en développement, qui n'ont pas accès aux nutriments par d'autres moyens.
Le croisement d'OGM et la culture de plantes et d'animaux dans des conditions qui ne pourraient normalement pas soutenir ces espèces peuvent causer des dommages à l'environnement. Par exemple, les mauvaises herbes qui se croisent avec des plantes OGM peuvent devenir résistantes aux herbicides. En 12 ans, les agriculteurs ont pulvérisé 383 millions de livres supplémentaires d'herbicides sur les cultures OGM. Les aliments OGM ne poussent pas plus vite que les aliments non modifiés, il n'y a donc aucun avantage économique à cultiver ces aliments. Plusieurs études montrent que la consommation d'aliments OGM augmente le risque de réactions allergiques alimentaires. En 2016, on ne sait pas s'il y a des conséquences à long terme de la consommation d'OGM.
Dans le même temps, il existe moins d'émissions de gaz à effet de serre et moins d'érosion des sols grâce à la production d'OGM. Les animaux et les cultures OGM nécessitent moins de terres, de machines, de produits chimiques et de temps.
Grâce à la modification des aliments, les produits ont souvent meilleur goût et se traduisent par une valeur nutritionnelle plus élevée. Les produits sont améliorés, avec des produits ajustés pour être plus épicés, sucrés ou savoureux. En particulier dans les pays où l'accès aux aliments nutritifs est limité, la modification génétique peut ajouter des nutriments importants pour soutenir la santé.
En citant les préoccupations soulevées par les études animales, l'Académie américaine de médecine environnementale encourage les médecins à conseiller aux patients d'adhérer à un régime sans OGM. Les effets secondaires chez les animaux consistent en l'infertilité, des troubles gastro-intestinaux et du système immunitaire, un vieillissement rapide et des dommages aux organes.