Il existe un certain nombre de substituts à la gomme xanthane en pâtisserie, notamment la gomme de guar, l'agar agar et les graines telles que le chia ou le lin. Les blancs d'œufs remplacent également la gomme xanthane dans certaines recettes comme les crêpes ou les gaufres.
La gomme de guar est utilisée comme alternative à la gomme de xanthane dans la plupart des recettes sans gluten, en particulier les garnitures de pâtisserie et la crème glacée. Ce n'est pas un bon substitut dans les pains à la levure, cependant. L'agar agar est mieux utilisé comme substitut de la gomme xanthane dans les pâtes. Les graines de chia et de lin fonctionnent également bien comme substitut de gomme de xanthane et épaississent facilement la pâte et la pâte à frire, mais elles doivent être bien broyées pour éviter une consistance granuleuse.