Bien que l'origine exacte du nom raifort ne soit pas entièrement connue, on pense que le nom peut provenir d'Europe centrale, où les Anglais ont peut-être mal prononcé le nom allemand du raifort, "meerrettich". Cette erreur de prononciation apparente a peut-être conduit les Anglais à désigner le raifort par « mareradish », qui est finalement devenu « horseradish ».
Le raifort n'a aucun lien direct avec les chevaux ou les radis. Cependant, le nom cheval dans le nom raifort peut faire référence à une grande taille et à une grossièreté, tandis que le radis vient du terme latin radix, qui signifie racine. La plante vieille de 3 000 ans fait partie de la famille de la moutarde et a peut-être été utilisée par les Égyptiens en 1500 av. Le raifort était un accompagnement courant des plats de bœuf et d'huîtres en Angleterre à la fin des années 1600, et a finalement été importé en Amérique du Nord et cultivé au milieu des années 1850.