Les temps de cuisson peuvent être considérablement plus courts pour les recettes de mini muffins, ne totalisant que 10 à 15 minutes, et les boulangers voudront faire attention à éviter de trop cuire. Le temps de cuisson exact pour les mini muffins dépendra de la recette et la température du four, mais en général, ces petits muffins doivent être cuits pendant une période plus courte que les muffins de taille normale pour éviter de brûler, de sécher ou d'autres effets indésirables résultant d'un temps passé au four trop long. Les recettes doivent être suivies exactement pour éviter de gâcher le lot de mini muffins, et si le boulanger choisit de faire des mini muffins à partir d'une recette de muffins pleine grandeur, le boulanger doit garder un œil attentif sur les muffins pendant qu'ils cuisent.
Si un temps de cuisson exact pour les mini muffins n'est pas disponible et que le boulanger travaille à partir d'une recette de muffins pleine grandeur, il ou elle peut adopter une approche plus détaillée en déterminant combien les mini muffins sont plus petits que le plein -taille des muffins demandés dans la recette et en réduisant le temps de cuisson en conséquence. Les personnes qui ne sont pas aussi douées en mathématiques peuvent simplement mettre les mini muffins au four à une température légèrement inférieure à celle demandée pour les muffins de taille normale et les vérifier après cinq minutes. Lorsque les muffins semblent gonfler et brunir, ils peuvent être retirés et testés avec un cure-dent pour vérifier la cuisson.