La détérioration des aliments est causée par des bactéries, des levures, des champignons, les propres enzymes des aliments, des insectes, des fluctuations de température et une oxydation. Lorsqu'ils sont consommés, les aliments qui sont avariés par des bactéries ou d'autres microbes présentent un risque de maladie pour humains.
Le contrôle de la chaleur, de l'humidité et du pH aide à inhiber la détérioration en empêchant la croissance microbienne et en ralentissant le processus naturel de dégradation des aliments. La cuisson des aliments désactive les enzymes et tue les bactéries et les champignons, mais ce processus n'est permanent que pour les enzymes. Les bactéries et les champignons réinfectent les aliments cuits à moins que des mesures ne soient prises pour empêcher leur retour, telles que le contrôle de la température et de l'humidité.
Les changements causés par les enzymes, l'oxydation, les basses températures ou la lumière sont généralement cosmétiques. Ils induisent des changements indésirables dans la saveur, la texture ou l'apparence des aliments, mais ne rendent pas les aliments impropres à la consommation. À l'exception des blessures à basse température, ces dommages se produisent dans des conditions qui permettent la croissance microbienne; la nourriture peut également être contaminée par des bactéries ou des moisissures et être impropre à la consommation pour cette raison. Les blessures à basse température sont une exception car elles ne surviennent que dans des conditions qui inhibent la croissance microbienne.
Différents aliments sont plus vulnérables à différents types de détérioration. La croissance bactérienne est plus fréquente dans les aliments peu acides et riches en protéines tels que les viandes et les produits laitiers, tandis que la croissance des levures se produit dans les aliments à forte teneur en sucre. Les moisissures et les levures sont capables de gâcher les aliments très acides, ce qui les rend plus fréquents dans la détérioration des fruits et légumes.