S'il n'est pas garni et conservé dans un récipient hermétiquement couvert, le cheesecake peut se conserver au réfrigérateur jusqu'à une semaine. Pour conserver une saveur et une texture optimales, il doit être conservé au réfrigérateur pas plus de deux jours avant de servir.
Le cheesecake peut être conservé au congélateur pendant un mois ou plus. Il est préférable de retirer les garnitures et de l'envelopper dans une couche de pellicule plastique suivie d'une couche de papier d'aluminium avant de la placer au congélateur. Sortir le cheesecake du congélateur la veille, le laisser enveloppé et le laisser reposer au réfrigérateur pendant la nuit pour qu'il décongèle avant de servir pour de meilleurs résultats.