L'écotourisme peut apporter les fonds nécessaires aux efforts de conservation dans le monde entier, mais il peut également mettre un stress sur la faune et les populations locales, s'il n'est pas géré correctement. Plus un écosystème fragile reçoit de visiteurs chaque année, plus le trafic risque d'endommager les habitats et d'affecter l'environnement local. L'écotourisme peut également apporter des investissements et un développement extérieurs dans une région au détriment des emplois et des infrastructures locaux.
Un inconvénient majeur de l'écotourisme est qu'il convertit souvent l'économie locale en une économie touristique, étouffant les perspectives économiques naturelles de la région au profit des étrangers fortunés. Cela peut détruire l'industrie et l'agriculture locales, car les travailleurs trouvent de meilleurs salaires au service des clients et peut entraîner une spirale économique descendante. Un afflux d'argent extérieur peut compenser quelque peu cela, mais il rend l'économie locale entièrement dépendante des fonds étrangers, ce qui est une situation économique précaire.
Les services touristiques doivent trouver un équilibre entre l'accès à une faune rare et la protection des plantes et des animaux en voie de disparition. Si les touristes ne peuvent pas voir les habitats rares et leurs occupants, il n'y a aucune raison de visiter la région, mais trop de trafic peut avoir un effet négatif. S'ils sont mal réglementés, les guides locaux peuvent offrir aux visiteurs la possibilité de contourner les activités réglementées, ce qui pourrait nuire aux animaux au cœur de l'industrie de l'écotourisme.
