Les versions antérieures de l'éclair au chocolat, connu sous le nom de « pain à la duchesse » ou « petite duchesse », remontent au début du XIXe siècle, mais la pâtisserie a d'abord été décrite comme un éclair au chocolat dans les années 1850. Nourriture des références historiques, dont l'estimable Larousse Gastronomique, décrivent des éclairs mais sont imprécises quant à leur origine.
L'éclair est probablement un produit de l'évolution alimentaire. Antonin Careme (1784-1833), célèbre chef pâtissier de la royauté française, aurait créé quelque chose qui s'apparente à un éclair et, en particulier, le premier éclair au chocolat. En français, éclair se traduit par « éclair de foudre », peut-être inspiré par la couche légère et brillante de glaçage fondant qui recouvre l'éclair. En anglais, la première référence à l'éclair est apparue dans un article de 1861 du magazine Vanity Fair.
La première apparition de l'éclair dans un livre de cuisine américain remonte à 1884. Dans la cuisine américaine, l'éclair, ou quelque chose de similaire, est devenu connu sous le nom de « Long John », un beignet allongé rempli de crème pâtissière, de crème ou de gelée et recouvert de glaçage au chocolat. Les techniques culinaires précises ont peut-être évolué différemment des éclairs au chocolat associés à Careme, mais le Long John est similaire en apparence et, dans une certaine mesure, en goût à l'éclair.