Les poissons ont un système digestif basique avec des estomacs adaptés au type de nourriture qu'ils mangent. Les aliments ingérés sont partiellement digérés dans l'estomac avant de passer dans l'intestin où ils sont davantage digérés, et c'est dans l'estomac que les nutriments des aliments ingérés sont absorbés.
Les aliments qui ne sont pas absorbés sortent du corps du poisson par l'orifice anal sous forme de déchets. Il est important de donner aux poissons la nourriture qui leur est recommandée. Par exemple, les poissons herbivores nécessitent une alimentation riche en fibres, tandis que les poissons carnivores ont besoin d'aliments riches en protéines. Les carnivores ont des intestins plus courts et des systèmes globalement plus simplistes, donc le processus de déplacement des aliments à travers le corps diffère légèrement.