Les écosystèmes d'eau douce et marins interagissent dans les écosystèmes côtiers où les deux environnements se mêlent dans les mangroves, les estuaires et les baies parmi d'autres environnements. Le mélange d'eau douce et d'eau salée donne naissance à des sphères écologiques uniques et à une biodiversité qui ne peut survivre dans toutes les conditions sauf celles fournies par les écosystèmes côtiers.
Les mangroves se produisent là où l'eau salée et l'eau douce se mélangent, permettant la croissance d'immenses palétuviers qui forment ensuite des cours d'eau et des mares en raison de la croissance de leurs systèmes racinaires. Ces environnements marécageux uniques abritent des crustacés, des poissons et de nombreux autres types d'animaux qui prospèrent dans l'interstice entre les écosystèmes.
Certains animaux peuvent se déplacer librement entre l'eau douce et l'eau salée. Ces animaux comprennent le crocodile marin et plusieurs espèces de poissons. Adaptés ainsi, ils peuvent entrer et sortir des écosystèmes côtiers sans avoir à se soucier des dommages causés à leurs organes en raison d'une incapacité à traiter l'un des environnements donnés.
Les écosystèmes côtiers sont très sensibles à l'activité humaine et en raison de leur échelle limitée et de leurs taux élevés de diversité spécialisée, ils peuvent être gravement endommagés par la pollution et la navigation de plaisance. De nombreux écosystèmes côtiers sont menacés par la navigation et d'autres activités humaines à l'intérieur ou autour de leurs frontières, ce qui fait de ces écosystèmes l'un des plus fragiles au monde.
