L'activité humaine affecte les écosystèmes de diverses manières, mais elle le fait principalement par le biais de l'agriculture, de la destruction de l'habitat, de l'utilisation de l'eau et de la pêche. Chaque fois que les humains pénètrent dans un habitat, ils ont tendance à le remodeler pour l'adapter leurs propres besoins, détruisant les ressources que les autres animaux utilisent, ce qui les chasse. La surexploitation de l'eau draine les aquifères naturels et altère la nappe phréatique locale, et la pollution peut affecter négativement les populations d'animaux sauvages.
La pêche est un domaine dans lequel l'activité humaine peut avoir des effets considérables sur un écosystème. Les humains exercent souvent une pression extrême sur les espèces prédatrices au sommet, comme le thon. Lorsque le nombre de ces prédateurs diminue, les prédateurs de moindre importance qu'ils consomment augmentent en nombre, ce qui exerce alors une pression sur les espèces plus en aval de la chaîne alimentaire. De plus, les opérations de pêche industrielle peuvent endommager les habitats et tuer des espèces non apparentées qui sont capturées avec les poissons ciblés.
Les humains affectent également l'environnement par la pollution, et ces changements peuvent être généralisés. L'augmentation du dioxyde de carbone et d'autres gaz à effet de serre a augmenté les températures mondiales, et ces augmentations peuvent modifier le niveau de la mer et les conditions météorologiques. Quelques degrés de changement seulement peuvent endommager des écosystèmes fragiles en éliminant la flore clé ou en modifiant les cycles de reproduction des animaux, et le fait que ces gaz puissent affecter l'environnement pendant des décennies, voire des siècles, garantit que leur impact est à long terme et généralisé.
