Les champignons peuvent vivre dans une variété d'habitats classés comme marins ou terrestres : dans le sol, dans l'eau, et sur les plantes et les animaux. Les preuves suggèrent que certains champignons ont évolué étroitement avec leur plante ou animal en partenariat pour développer une relation symbiotique productive. Les champignons, qui comprennent la levure, les champignons et les moisissures, sont classés séparément des plantes, des animaux et des bactéries.
Les champignons fonctionnent comme des décomposeurs et sont capables de décomposer même les substances toxiques. Lorsque les champignons prennent des nutriments d'un organisme encore vivant, les champignons peuvent être considérés comme un parasite. Parce que les champignons sont extrêmement adaptables, ils prospèrent dans des environnements très différents à travers le monde. Certains champignons vivent dans les déserts, d'autres dans des cheminées hydrothermales profondément sous la surface de l'océan. Les champignons mycorhiziens sont présents dans le sol et tirent leurs nutriments des racines des plantes ou des restes de plantes en décomposition. D'autres champignons présents dans le sol (appelés rudéraux) collectent leurs nutriments dans l'eau de pluie. Certains champignons, comme les moisissures, se développent mieux dans des endroits sombres et humides et peuvent être un irritant constant pour les humains (en particulier sous des formes comme la moisissure noire du pain). D'un autre côté, les champignons, qui sont en fait le fruit de certains types de champignons, peuvent être un ajout savoureux à un repas.