Les deux groupes fonctionnels toujours présents dans les acides aminés sont les groupes carboxyle et amino. Les deux groupes sont acides. Une liaison peptidique se produit lorsque le groupe carboxyle d'un acide aminé rejoint l'extrémité aminée d'un autre.
Un groupe carboxyle se compose d'un atome de carbone, de deux atomes d'oxygène et d'un atome d'hydrogène. Le groupe amino se compose d'un atome d'azote et de deux atomes d'hydrogène. Les groupes carboxyle et amino se trouvent aux extrémités opposées d'un acide aminé.
Deux acides aminés forment un peptide, ou amide, se liant lorsqu'ils se joignent. Les extrémités amino et carboxyle des deux acides aminés se rejoignent et l'azote du groupe amino se lie au carbone du groupe carboxyle. Les hydrogènes sur le groupe amino et un oxygène sur le groupe carboxyle se combinent pour former une molécule d'eau.
