La principale différence entre le zooplancton et le phytoplancton est que le phytoplancton a la capacité de fabriquer sa propre nourriture par photosynthèse ou chimiosynthèse. Les zooplanctons sont incapables de fabriquer leur propre nourriture. Les zooplanctons sont des planctons animaux, tandis que les phytoplanctons sont des planctons capables d'effectuer la photosynthèse.
Les planctons sont généralement appelés « flotteurs », des organismes qui dérivent dans les environnements aquatiques. Ils se divisent en gros en deux groupes : le zooplancton et le phytoplancton. Les deux groupes sont identifiés par leur niche écologique à la base de la chaîne alimentaire. La plupart des planctons (phytoplancton et zooplancton) sont des organismes unicellulaires. Les phytoplanctons sont les producteurs de fond de l'océan, tandis que les zooplanctons sont les consommateurs de fond de l'océan. Les phytoplanctons jouent également un rôle important sur terre. Ils produisent plus de 50 % de l'approvisionnement en oxygène de la Terre.
Les phytoplanctons se trouvent dans des régions qui ont le type d'énergie nécessaire à la photosynthèse ou à la chimiosynthèse. Cela les contraint à la zone photique, la région de l'océan où la lumière peut pénétrer, et aux ouvertures sous-marines. Les zooplanctons ne se limitent pas à une source d'énergie externe non organique. Contrairement aux phytoplanctons, qui sont limités à une profondeur d'environ 800 pieds, les zooplanctons n'ont pas de limites de profondeur, mais ils doivent être autour d'une source de nourriture.