Certains protistes produisent leur propre nourriture par photosynthèse, tandis que d'autres obtiennent de l'énergie en consommant des particules de substances organiques, de virus et de bactéries. Certains protistes ont la capacité unique de se nourrir en utilisant les deux processus ; lorsque la lumière du soleil est abondante, ils utilisent la méthode autotrophe d'acquisition de nutriments (photosynthèse) et se nourrissent de matières organiques dans des conditions d'obscurité ou de faible luminosité.
Les protistes, comme les plantes hautes et certains types de bactéries, ont la capacité de faire de la photosynthèse. Ils le font en absorbant la lumière et la chaleur des rayons du soleil, qui se combinent avec l'eau dans leurs systèmes vasculaires pour former du glucose, un type de sucre que les protistes utilisent comme énergie. La plupart des protistes qui effectuent la photosynthèse vivent sur terre, bien que plusieurs espèces marines utilisent également cette tactique. La méthode par laquelle les protistes tirent de l'énergie est utilisée pour les classer en différents groupes. Les autotrophes photosynthétiques et chimiosynthétiques sont des groupes de protistes qui utilisent la photosynthèse pour créer de l'énergie. Les hétérotrophes, quant à eux, sont divisés en classes de champignons qui obtiennent des minéraux et des nutriments par ingestion ou absorption. Les hétérotrophes utilisant l'ingestion consomment des particules de nourriture en les prenant dans leur corps où elles sont digérées par des enzymes. Les hétérotrophes d'absorption tirent de l'énergie en sécrétant des enzymes digestives à l'extérieur de leur corps, puis en absorbant les nutriments.