Les enzymes protéases décomposent les protéines en peptides, tandis que les enzymes peptidases décomposent les petits morceaux de protéines en acides aminés. Le pepsinogène est sécrété par les glandes gastriques dans l'estomac, qui est un environnement très acide après une personne mange.
L'acidité provoque l'activation du pepsinogène, décomposant les protéines en tant qu'enzyme pepsine. D'autres enzymes telles que la chymotripsine, la trypsine et la carboxypedtidase aident également à la digestion des protéines. Les protéases et les pétidases sont également utilisées dans certains détergents pour décomposer les taches organiques. Les inhibiteurs de protéase sont utilisés pour aider les patients atteints du virus du SIDA, car le virus utilise des protéases pour se reproduire.