Les algues et les protozoaires sont dans le même royaume, Protista, car la création initiale de ce royaume s'est faite sur la base d'une ressemblance superficielle, et ces organismes eucaryotes et largement unicellulaires semblaient se ressembler plus que n'importe quel autre autre groupe. Les trois principaux groupes de protistes - les protozoaires, les algues et les moisissures visqueuses - ne sont pas particulièrement étroitement liés. Les levures, bien qu'elles soient des eucaryotes unicellulaires, sont classées comme des champignons et non comme des protistes.
Protista est vraiment un royaume d'organismes qui ne rentre dans aucun des autres royaumes établis. Bien que son caractère général soit celui d'organismes unicellulaires avec un noyau, de nombreuses espèces multicellulaires, en particulier des algues, y sont incluses. Les moisissures visqueuses, un autre groupe non apparenté, se développent parfois sous forme de cellules individuelles macroscopiques géantes avec des millions de noyaux, selon l'Herbier Intermountain de l'Université d'État de l'Utah. Les protistes se définissent plus par ce qu'ils ne sont pas que par ce qu'ils sont, et cette définition est controversée.
La classification des algues est particulièrement contestée. Les algues comprennent la plupart des protistes photosynthétiques, mais certains groupes, tels que les dinoflagellés, sont en fait plus étroitement liés aux protozoaires que les algues, telles que le varech. De plus, la distinction entre de nombreux types d'algues, en particulier les algues multicellulaires, et les plantes n'est pas très bien définie, et certains scientifiques proposent de les regrouper en dehors des protozoaires.
