Un écosystème naturel est un écosystème qui se produit comme il le ferait sans l'influence des êtres humains. Le terme « écosystème » fait référence à toutes les plantes, animaux, champignons, protozoaires, bactéries et autres organismes qui vivent dans la même zone. Toutes ces espèces distinctes partagent des vies hautement interconnectées et, à bien des égards, fonctionnent comme une seule unité.
Les exemples d'écosystèmes naturels incluent les forêts tropicales vierges, les déserts et le fond océanique, également connu sous le nom de plaine abyssale. Ces écosystèmes ont largement évité la main des êtres humains, leur permettant de persister dans leur état historiquement naturel. Cependant, comme tous les écosystèmes, ces habitats vierges évoluent et changent au fil du temps, que des êtres humains les habitent ou non.
De nombreux habitats sont en grande partie naturels, mais ont des empreintes humaines. Par exemple, les forêts reculées de l'est des États-Unis ont été exploitées il y a environ 100 à 200 ans, mais elles reviennent en grande partie à leur forme primitive et intacte. De nombreux habitats de prairies du Midwest ont subi une destruction et un renouvellement similaires.
Certains habitats, tels que les dépotoirs ou les zones suburbaines, représentent le contraire d'un habitat naturel. Plutôt que d'être épargnés par les humains, ces types d'habitats n'existent que parce que les humains les ont créés. Néanmoins, ils fonctionnent toujours comme des unités singulières, lorsqu'ils sont considérés dans un contexte écologique.