Les amibes appartiennent au domaine eucarya, le royaume des protistes, le phyllum des protozoaires, la classe des rhizopodes, l'ordre des amibes et la famille des amibes. Il s'agit de la classification scientifique du genre amibe, qui comprend de nombreux espèce d'amibe.
La classification des êtres vivants en biologie s'appelle la taxonomie, la nomenclature ou le schéma. Amoeba proteus est un exemple représentatif de l'espèce, dont les membres sont caractérisés par une forme amorphe et une méthode de propulsion facilitée par une caractéristique appelée pseudopode. Cette caractéristique de l'amibe est également déterminante pour l'alimentation. Tous les protistes, y compris les amibes, sont des animaux unicellulaires contenant un noyau.
Plus précisément, les amibes font partie du phylum Amoebozoa, tel que décrit par Max Lühe en 1913. En 2002-2003, elles ont été placées dans le royaume des Protozoaires par Thomas Cavalier-Smith. Ils sont également classés dans le domaine Eukaryota, comme décrit en 1998 par Cavalier-Smith. L'espèce ou le genre a été décrit pour la première fois en 1822 par Bory de Saint-Vincent et ajouté plus tard à la famille des Amoebidae. Il existe quatre sous-espèces majeures d'amibes identifiées à partir de 2014.
