L'absorption des protéines, ou plus précisément des acides aminés, se produit dans l'intestin grêle. Les protéines sont souvent d'énormes molécules qui doivent être décomposées en acides aminés et en peptides suffisamment petits pour être absorbés par l'intestin grêle. Après cela, les acides aminés sont envoyés dans la circulation sanguine.
La digestion des protéines commence dans l'estomac, où l'acide chlorhydrique puissant commence la décomposition des molécules de protéines. Avec l'acide gastrique, la protéine est partiellement décomposée par une enzyme appelée pepsine. La pepsine est remarquable car l'acide dans l'estomac ne l'endommage pas. Il fonctionne mieux dans un environnement très acide.
Une fois que la protéine est partiellement dégradée dans l'estomac, elle continue jusqu'à l'intestin grêle, où elle est ensuite décomposée par les enzymes et les sucs sécrétés par le pancréas. Ces enzymes décomposent les protéines en acides aminés et en peptides contenant deux ou trois acides aminés. Il est important que le corps soit capable d'absorber les acides aminés, car il y en a neuf dont le corps a besoin mais qu'il ne synthétise pas.
Les protéases qui sont sécrétées par les cellules qui tapissent l'intestin contribuent davantage à la dégradation des protéines. Ces acides aminés et peptides sont ensuite envoyés par l'intestin dans la circulation sanguine.