Changer le pH peut changer la forme d'une protéine. Ce processus est appelé "dénaturer" la protéine. Lorsqu'une protéine est dénaturée, elle ne fonctionne pas de manière optimale ou ne fonctionne pas du tout.
Une protéine a une certaine structure qui affecte sa fonction. Par exemple, les protéines telles que les enzymes ne peuvent plus se lier aux substrats si leurs structures changent ; de même, les anticorps ne peuvent pas se lier à des substances étrangères appelées antigènes si leur structure a été modifiée.
Les interactions entre les chaînes latérales des acides aminés constituant les protéines les amènent à se replier en une forme tridimensionnelle unique. La modification du niveau de pH modifie ces interactions de chaîne latérale, entraînant un changement de forme de la protéine. Selon le Brooklyn College, certaines protéines peuvent reprendre leur forme d'origine si le niveau de pH revient à des conditions optimales.