La température affecte le pourcentage de graines qui germent et le taux de germination. Les graines conservées à des températures plus élevées sont plus susceptibles de se détériorer et de ne pas germer. Une fois que les graines commencent à germer, des températures plus élevées stimulent une germination plus rapide jusqu'à une température optimale, après quoi la vitesse de germination diminue.
La température optimale pour la vitesse de germination varie selon les espèces. Les graines sèches sont plus susceptibles de germer à des températures plus élevées, mais les graines humides sont moins susceptibles de germer à des températures plus élevées. L'alternance de températures froides et chaudes est susceptible de stimuler la germination de nombreuses graines humides. Certaines espèces de graines sont stimulées à germer par des températures très froides.