Felix Dujardin a apporté sa plus grande contribution à la théorie cellulaire lorsqu'il a proposé la classification d'un nouveau type d'organisme unicellulaire qu'il a appelé rhizopodes. Les rhizopodes de Felix Dujadin sont maintenant connus sous le nom de protozoaires.
Felix Dujardin est également bien connu pour son travail de réfutation de la théorie de Christian Gottfried Ehrenburg selon laquelle les organismes microscopiques avaient des organes dotés de fonctions similaires aux organes des vertébrés. En étudiant les foraminifères, Félix Dujardin a également découvert une structure de vie informe qu'il a nommée sarcode mais que nous connaissons aujourd'hui sous le nom de protoplasme. Il est également bien connu pour ses recherches de grande envergure sur les groupes d'invertébrés, tels que les échinodermes, les cnidaires et les helminthes.
