Le commandant de l'armée confédérée était le général Robert E. Lee. Lee s'est vu offrir à l'origine le commandement de l'armée de l'Union par le président Lincoln, mais il a rejeté l'offre parce qu'il ne voulait pas se battre contre ses compatriotes de Virginie.
Le général Robert E. Lee était un officier militaire à vie. Il a fréquenté l'Académie militaire des États-Unis à West Point et a obtenu son deuxième diplôme de sa classe. Après avoir refusé l'offre du président Lincoln de diriger l'armée de l'Union, Lee rejoint la nouvelle armée confédérée lorsque la Virginie fait sécession des États-Unis. Il a tenté d'envahir le Nord à plusieurs reprises, mais a finalement échoué. En 1865, Lee se rendit au général Ulysses S. Grant au palais de justice d'Appomattox pour mettre fin à la guerre civile.
