Le chef le plus célèbre de l'armée confédérée était Robert Edward Lee, qui a commencé à commander l'armée confédérée de Virginie du Nord le 1er juin 1862. Il est devenu commandant en chef de toutes les forces confédérées le 31 janvier 1865, se rendant bientôt au général de l'Union Ulysses S. Grant le 29 mars 1865.
Le général Thomas Jonathan Jackson, connu sous le nom de Stonewall Jackson, était responsable de la victoire lors de la première bataille de Bull Run, Antietam, Fredericksburg et Harpers Ferry. Il mourut lors de la bataille de Chancellorsville le 2 mai 1863. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston et Nathan Bedford Forrest, qui fondèrent plus tard le Ku Klux Klan, étaient également des chefs de l'armée confédérée.
