Le commandant en chef de l'armée confédérée était Jefferson Davis, qui était également le président des États confédérés d'Amérique de 1861 à 1865. De nombreux chefs de l'armée confédérée ont servi sous Jefferson Davis. Certains généraux confédérés célèbres étaient Robert E. Lee, John Bell Hood, Thomas "Stonewall" Jackson et Braxton Bragg.
Alors que Bragg dirigeait l'armée du Tennessee en 1862, Jackson a combattu lors de la première bataille de Bull Run. Le général Lee était un commandant essentiel pendant la guerre civile. À la fin de la guerre, il rendit les dernières forces confédérées à Appomattox au général Ulysses S. Grant en avril 1865.
La guerre civile a duré de 1861 à 1865. En termes de main-d'œuvre, les forces du sud étaient deux à un en infériorité numérique. Ce fut une guerre coûteuse dans laquelle près de 620 000 soldats sont morts.