Les exemples de bactéries anaérobies facultatives comprennent les salmonelles et E. coli. Les bactéries anaérobies facultatives sont membres des familles taxonomiques des entérobactéries, des vibrionacées et des pasteurellacées. De nombreuses espèces de ces familles sont des agents pathogènes chez l'homme, d'autres animaux ou des plantes.
Les bactéries anaérobies facultatives sont capables à la fois de la respiration aérobie et de la fermentation ou de la respiration anaérobie. De nombreux organismes en plus des bactéries sont des anaérobies facultatifs et comprennent des champignons et des vers polychètes. Les bactéries anaérobies faculatives sont omniprésentes et courantes dans le sol, l'eau et les organismes. Toutes les espèces ne causent pas de maladies mais font partie de la flore intestinale normale des animaux. Certaines espèces, comme E. coli, sont souvent inoffensives.
Les entérobactéries sont la famille contenant les bactéries courantes d'origine alimentaire, la salmonelle et E. coli, ainsi que de nombreux autres groupes d'agents pathogènes dangereux. Les espèces de Vibrionaceae comprennent le vibrion cholérique, une maladie mortelle propagée par les eaux usées et les aliments contaminés. Cette espèce provoque la libération de grandes quantités d'eau dans les intestins, entraînant une déshydratation rapide. Les vibrionacées comprennent également les photobactéries, un groupe qui produit de la lumière et que l'on peut trouver dans les organes producteurs de lumière de certains poissons d'eau profonde. Les Pasteurellaceae comprennent les espèces de Pastuerella, qui sont des agents pathogènes courants des animaux domestiques, ainsi que les haemophilus, qui sont courants dans les voies respiratoires supérieures et nécessitent un composant d'hémoglobine pour survivre.
