Les deux principaux types de respiration anaérobie sont la fermentation alcoolique et la fermentation lactique. Ces méthodes de respiration se produisent lorsque la quantité d'oxygène disponible est trop faible pour soutenir la respiration aérobie.
La fermentation alcoolique transforme le glucose en éthanol. Lors de la fermentation alcoolique, le glucose est décomposé par glycolyse et deux molécules d'ATP sont libérées au cours du processus. Les molécules d'acide pyruvique produites lors de la glycolyse se décomposent en éthanol et en dioxyde de carbone. Chez les animaux, le processus de fermentation lactique, de même, se produit après le processus de glycolyse. L'acide pyruvique est transformé en acide lactique et le tissu musculaire est décomposé par l'acide lactique. La fermentation de l'acide lactique est la raison pour laquelle les muscles brûlent lors d'un entraînement intense ou long. La dégradation de l'acide lactique dans les muscles entraîne la reconstruction du tissu musculaire pour devenir plus fort.