L'hydrogène n'a pas de neutrons, juste un seul proton et un seul électron. La majeure partie de la masse d'un atome réside dans ses protons et ses neutrons ; l'hydrogène a une masse de 1 à cause de la masse de son proton unique.
L'hydrogène possède trois isotopes communs : le protium, le deutérium et le tritium. Les isotopes ont le même numéro atomique, ce qui signifie qu'ils sont le même élément car ils ont le même nombre de protons et d'électrons ; cependant, leurs masses diffèrent parce qu'ils ont un nombre variable de neutrons. Le protium n'a pas de neutrons, le deutérium a un neutron et le tritium a deux neutrons. Le plus courant des isotopes est le protium, qui représente 99,9 % de l'hydrogène dans la nature. L'eau lourde, plus dense et plus lourde que l'eau normale, est constituée d'hydrogène sous forme de deutérium. Le tritium est radioactif et se forme dans l'atmosphère.
